تشخیص لنفوم بدخیم یکی از فرآیندهای بسیار چالش برانگیز در هیستوپاتولوژی است و تمایز بین یک فرایند واکنشی (Rearrangement) و لنفوم بدخیم بسیار مشکل است. در این شرایط میتوان از روش تشخیص کلونالیته برروی نمونههای بافت (FFPE)، فروزن، خون کامل و مایع مغز استخوان با روش PCR استفاده کرد تا تمایز بین سلولهای B و T و جابجایی کروموزومی و کلونالیتی این سلولها را بررسی کرد.